個人の設定や個人ファイルが他のパーティション（例えばハードディスク、USBスティックなど）に保存されていなければ「pup_safe.2fs」ファイルに含まれています。 そのバックアップは非常に簡単です。ブートオプション「puppy pfix=ram」でパピーを起動するかあなたの古いオペレティーングシステム（ウィンドウズ）を起動します。そしてそれらのファイルをバックアップメディア（例えばハードディスク、USBスティック、CD-ROMなど）にコピーします。
パピーをブートして「pup_save.2fs」ファイルをロードするとその中身を見ることができます。もし、そのファイルをロードすることができなくても、それでも方法があって、そのファイルに入り中身を保存することができます。
mount -o loop /mnt/hdax/pup_save.2fs /mnt/data
「/mnt/hdax」はあなたが保存した「 pup_save.2fs-file」のパーティション(例えばmount -o loop /mnt/hda2/pup_save.2fs /mnt/data)です。
もし「pup_save.2fs」にあなたのファイルを保存しないで「ext2/ext3」ファイルシステムのパーティションに保存しているならば、「rsync」コマンドでバックアップできます。バックアップメディアとして2番目（外付け）のハードディスクをお勧めします。バックアップハードディスクは「ext2/ext3」ファイルシステムを持っていなければなりません（3.3.2章参照）。
「Rsync」はあなたの現在のファイルのバックアップを同期し、バックアップメディアに新しいファイル或いは変更したファイルをコピーします。同時に「rsync」はバックアップメディアから全ての不要なファイルを削除する（もし要求するなら）事ができます。「rsync」を使うにはまずこのプログラムのインストールが必要です（パピーフォーラムから探して下さい)。
バックアップを作る前にファイルが汚染されていないか確認して下さい。（11.4章参照）。
下記の例ではファイルを「/myData」に保存され、バックアップディレクトリは「/backup」と想定します。
シェルを開いて次のコマンドを入力して下さい：
保存されたファイルのパーティションをマウントして下さい。パーティションの種類はリナックスファイルシステムで無くてはなりません(ext2/ext3)。
バックアップを保存するパーティションをマウントして下さい。例えば外付けのext2/ext3ファイルシステムのハードディスク。
ファイルをバックアップします。バックアップディレクトリがなければ、この時点で作って下さい。
パーティションをアンマウントします。
パーティションをアンマウントします。
注意：最後の「/」は大事です。必ず付けて下さい。「myData」ディレクトリ自身では無くて、「/mnt/hda4/myData」以下のファイルだけをコピーします。
以下は「rsync」のオプションです：
下記のコマンドでバックアップからファイルのリストア（修復）ができます：